先天性巨结肠其手术后遗症有很多，首先是吻合口瘘，这也是其早期最严重的并发症。一旦出现吻合口瘘，应当禁食，应用静脉营养，充分引流，应用敏感抗菌药物，抗感染治疗，必要时还需要作回肠造瘘术。晚期并发症主要是包括吻合口狭窄、肠梗阻、污粪、大便失禁以及便秘等。对于吻合口狭窄，重在预防，术后两周应当做常规肛门扩张治疗，持续六周左右，可以很好的缓解便秘。早期污粪可能与术后短期肛门功能失调有关，通过饮食调节，排便习惯训练可以逐渐缓解，如果持续并有加重倾向，还需要进一步明确原因，必要时还需要再次手术。肠梗阻多是由于术后肠粘连所导致，一般通过保守治疗可以缓解，少数反复发作或者保守治疗无效的，还应当及时行剖腹探查，松解黏连等。