肛门里面疼痛有很多因素：1、肛周脓肿，肛门周围出现感染，形成脓包，出现疼痛。一般都急性发作，可以触摸到包块，严重时排便排尿困难。需要手术治疗；2、血栓外痔，肛门突然出现一个肉疙瘩，疼痛，可以自然吸收；3、肛门神经痛，这种疼痛多突然发作，痉挛性疼痛，过一会儿可以自然缓解，大多数检查，局部没有阳性体征。4、肛裂，排便时肛门有血，肛门疼痛，严重时疼痛持续数几十分钟或几个小时，这种情况需要手术治疗；5、直肠肿瘤，疼痛比较轻，多为坠痛，伴有便血，需要手术治疗；这是最常见的几种肛门疼痛。