两个月宝宝发烧，常见于体内有病原体入侵，发生了炎症反应。体温为39摄氏度，属于高热状态，要注意保暖，避免宝宝受凉。给宝宝使用退热剂，比如对乙酰氨基酚或者布洛芬，可以采取肛门栓剂的方式给药。继续母乳喂养，通过宝宝排汗排尿，带走身体的热量，达到降低体温的目的。注意随时检查血常规，明确病情和病因，进行对症和抗病原体的病因治疗。