巨结肠手术可能会有后遗症，一般可见以下后遗症：1、便秘（术前已便秘，不能正常排便，术后仍不能正常排便）；2、肠炎，为巨结肠术后特殊后遗症，又称为巨结肠相关性肠炎，临床表现多为高热、腹胀、爆发性水样泄、大便恶臭无比，X线片一般可观察出肠管扩张，肠粘膜不规则、不光滑，肠腔有大量积液等；3、污便：常有少量粪便或粪汁污染内裤。