输卵管卵巢囊肿，会导致输卵管的结构和功能出现异常，从而导致输卵管因素的不孕或宫外孕的发生。卵巢巧克力囊肿，是发生在卵巢上常见的子宫内膜异位症囊肿，异位的内膜组织侵犯卵巢盆腔及输卵管周围组织，导致内生殖系统结构的改变，从而最终导致不孕的发生，不孕的发生率能达到40%。巨大的卵巢囊肿或输卵管系膜囊肿同样也会导致不孕的发生，这可能与盆腔容积减小及局部压迫有关。