肛周脓肿主要是由于肛窦隐窝出现感染，向肛门周围各个充满疏松组织的间隙内蔓延所导致的，当肛周脓肿出现破溃或者单纯切开引流后，脓液被排出，发生感染的这些组织间隙逐渐恢复，之后会出现肛瘘。简单来说，肛周脓肿和肛瘘是同一个疾病的不同发展阶段，肛瘘由肛周脓肿发展而来。反复不经过治疗的肛瘘，可以再次引起肛周脓肿，两种疾病互为交替出现，互为进展。