出现肛周脓肿是需要进行手术治疗的，手术过程包括切开脓肿，引流脓液，术后积极地使用抗生素控制感染。单纯使用抗生素抗感染治疗对于这种疾病是不够的。临床怀疑肛门直肠脓肿需要积极鉴别发生原因，对于非克罗恩病导致的肛周脓肿需要尽早手术。延迟手术干预会导致慢性组织破坏，纤维化和狭窄形成以及出现肛瘘，造成肛周脓肿反复发作，并可能损害肛门对大便的控制功能。