长期使用呼吸机的弊端就是容易造成感染，对于长期卧床的患者，本身抵抗力就非常低下，如果再使用呼吸机，尤其是有创呼吸机，气管切开的患者，就会大大提高感染几率。如果患者反复感染，经常使用抗生素，有可能造成细菌耐药或者出现超级细菌，对治疗产生严重的影响。另外使用呼吸机的弊端就是可能造成呼吸机依赖，一般使用呼吸机一周以上的患者都有可能造成这种情况，因此建议患者要慎重使用呼吸机。