目前常用的甲亢的抗甲状腺药物有甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶，这两种药物均可抑制甲状腺激素的合成，丙硫氧嘧啶同时还有抑制T4向T3转化的作用。甲巯咪唑半衰期六小时，丙硫氧嘧啶大约是1.5小时。甲巯咪唑抗甲状腺作用可持续24小时以上，每天只需1次服用。而丙硫氧嘧啶具有少见但严重的导致肝功能衰竭的不良反应，目前不作为一线的抗甲状腺药物，但仍可用于妊娠早期（开始3个月）、严重的甲状腺毒症、甲状腺危象、对甲巯咪唑不耐受的甲亢患者的治疗。目前这两种抗甲状腺药物各有其优缺点，所以专科医生根据患者的不同的情况选择用药。