巧克力囊肿手术后最佳受孕时间为三个月之后。因为巧克力囊肿手术之后建议使用醋酸亮丙瑞林或者戈舍瑞林治疗三个月。有生育要求的巧克力囊肿患者手术时要尽可能保护卵巢功能，所以手术大多做的不会太彻底，手术之后必须加用药物治疗，这样能够提高受孕的几率。停药之后只要恢复月经就可以受孕，而且要尽快的受孕，因为越长时间不能受孕复发的几率就越大，如果半年之内不能正常受孕，建议患者选择辅助生殖技术帮助受孕。