先天性脑囊肿包括中医治疗和西医治疗两种方式。中医治疗用中药内服，改善脏腑功能，消除淤处；用按摩、针灸、推拿等方式进行辅助治疗。西医治疗主要采取手术治疗。对于脑囊肿小、无占位效应、没用明显病症，一般采取定期复查核磁或CT；对于囊肿较大，有明显占位效应，可以采取手术治疗。手术治疗可选择囊肿-腹腔分流术和囊肿-脑池造瘘等。