甲巯咪唑属于治疗甲亢的常用药物，常见的副作用有：过敏，皮肤瘙痒，白细胞减少。严重的粒细胞减少则比较少见，另外偶有出现再生障碍性贫血的情况。其他的可以有味觉功能减退，恶心呕吐，腹部不适，头晕，关节疼痛，肝肾功能损伤等。间质性肺炎和肝炎属于比较严重的副作用，但非常罕见，还有少数人用药后可以有血小板减少和凝血因子减少。