治疗肛周脓肿没有特效药。这个疾病的治疗使用抗生素治疗，有控制感染的作用，可以减轻全身发热、肛周局部疼痛。但是对于疾病的治愈作用不足。这个疾病的治疗，主要是需要进行手术治疗。手术治疗的目的是切开脓腔，排出脓液，对引起肛周脓肿的内口部分进行处理，再配合使用抗生素药物，这样才是治疗与这种疾病的根本办法。通过简单的药物保守治疗可以造成感染加重、肛瘘形成等并发症。