肛周脓肿自溃，或经切开引流术后，多数会形成肛瘘，肛瘘急性感染也可以形成肛周脓肿。肛周脓肿是急性感染性疾病，炎症较重；肛瘘是慢性感染，炎症较轻。当二者共同存在时，经过抗炎、薰洗、坐浴治疗，可以达到缓解症状的作用，若想实现根治，必须采取手术治疗。手术中只要保护好肛门扩约肌，同单纯脓肿或单纯肛瘘手术一样，也可以一期根治。