食管癌的发生和胃镜检查没有关系，和长期饮酒、吸烟、进食过硬、过热食物、真菌感染，亚硝酸盐刺激、微量元素或者维生素缺乏有密切的关系。有可能胃镜检查时没有食管癌的发生；也有可能已经存在重度不典型增生，甚至原位癌。没有行组织活检或者出现假阴性结果等。无论是何种原因，目前最重要的是评估食管癌的分期，以手术治疗为首选，其他治疗还包括放化疗等。