肛门直肠脓肿通常来自感染的肛门隐窝。由于不佳的排便习惯、过于稀淌的大便导致肛门隐窝被粪便阻塞，过于辛辣刺激的食物引起肛门隐窝感染。肛门隐窝的感染会不断蔓延至肛门周围疏松的组织间隙内，形成脓肿。这些脓肿向肛门不同的方位蔓延，形成肛周皮下脓肿、坐骨肛管间隙脓肿、肛管后间隙脓肿、坐骨直肠间隙脓肿等各种不同位置的肛周脓肿。