怀孕40天肚子隐隐作痛主要考虑两方面的原因：第一，先兆流产或异位妊娠的可能，需要通过检查血绒毛膜促性腺激素、孕酮、彩超来鉴别，如果确定是先兆流产就必须要保胎治疗；如果是异位妊娠要根据具体情况选择药物保守治疗还是手术治疗。第二，要考虑胃肠道疾病或泌尿系疾病引起的腹痛不适。因为盆腔里除了有子宫之外还有膀胱、输尿管以及肠道。如果小腹隐痛，伴有尿频、尿急、尿痛要考虑是泌尿系疾病；如果伴有腹泻或者便秘就要考虑是肠道疾病的可能。