目前口服药物能够溶解肾结石，主要用于尿酸结石和胱氨酸结石的治疗。尿酸结石可以口服拘橼酸氢钾钠来碱化尿液，使尿液呈碱性，另外对于尿酸结石也可以口服别嘌醇300mg，每日1次，减少尿尿酸的排出。另外减少产生尿酸的食品的摄入，比如少吃动物内脏等。对于胱氨酸结石，同样是碱化尿液，口服橘橼酸氢钾钠和碳酸氢钠，当24小时尿胱氨酸排出高于3mmol,可以应用硫普罗宁或卡托普利。对于感染性的结石，比如，磷酸镁铵和碳酸磷灰石，能够被10%的肾溶石酸素所溶解。