肠镜检查前一天要做肠道准备，喝强效的泻药，大量喝水5000毫升(约十瓶矿泉水的量)，清洁肠道，直到拉清水为止。做肠镜时，要更换衣物穿开裆裤(肠镜室提供的)，患者平躺着，肠镜医生站在患者右侧，将一根长约2米，直径约成人食指粗细的肠镜，从肛门插进去，检查整个大肠的情况，检查过程会有些痛苦，摄像系统会把检查到的情况传到显示屏上，遇到病变组织，还可以进行拍照，最后将检查结果打印出来。