在怀孕三周时，内外配成之间有一些骨头形成，但是如果内外成胚层之间有些东西没有消失，那么骨头就没有办法分开，就会导致回肠畸形。还有一种可能就是怀孕五周的时候，发育出现障碍，那么肠管和消化管出血出现间隔，就可能形成一个囊肿，导致回肠畸形。在怀孕八到九周的时候，小肠的外皮会生长形成1个类似袋子样的东西如果消失不完全，也会发展为回肠畸形的。