肛周脓肿是由于肛管直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，感染源大多来自肛隐窝感染，有的也是来源于内外痔的感染及肛裂，或肛周皮肤感染，有的是来源于肛门部的外伤或手术，如内痔注射等。也可来源于血路感染，如脓毒血症引起的肛周脓肿，极少数患者是由于结核，溃疡性结肠炎和或克罗恩病引起，所以肛周脓肿是一个多因素综合作用的过程。