甲状舌管囊肿的治疗以手术切除为主。手术时囊肿、舌骨中1/3及舌骨后与舌盲孔之间的组织一并切除，最大限度减少复发。1岁以内、未发生感染或较小囊肿可暂时不手术。如有炎症，应抗感染，待炎症消退后2—3周再手术。

甲状腺舌管囊肿应争取在感染发生前手术切除，一般手术在2岁左右施行。手术要求完整切除囊肿及瘘管，瘘管的分离应达盲孔，并切除舌骨中段。甲状腺舌管囊肿感染时，应待感染控制2～3个月后再行切除术。为防止术后复发，术中应：①切除舌骨体；②分离瘘管达盲孔；③全部切除囊壁；④全部切除瘘管特别是舌骨以上的瘘管。