太田痣好发于有色人种，2/3的患者在出生时即存在，太田痣的发生可能是由于一些黑素细胞向表皮移动时未能穿过真皮与表皮之交界，而长期停留在真皮或真皮以下所致。在真皮中部黑素细胞内含多少不一的黑素颗粒，散在于真皮胶原纤维之间。在稍隆起和浸润的色素斑中其黑素细胞的数目更多，和蓝痣相似，特别是在呈结节状损害部位的组组织象，和蓝痣不能区别。眼部包括眼眶骨膜等较深的结构中也可以有黑素细胞的浸润。