CT检查不仅可以准确定位，而且对病变的范围、大小、是否合并感染等都能准确诊断。鳃裂囊肿通常表现为沿胸锁乳突肌上、下走行，类圆形或椭圆形软组织块影，中心密度低，不强化，但囊壁（边缘）可强化，境界清楚。若病变位于颈前三角区，第二鳃裂囊肿最多见。若囊壁增厚，边缘不光滑，强化扫描可见囊壁明显强化，与周围组织结构分界不清晰，囊内容物密度增高，提示囊肿有感染。B超检查多于胸锁乳突肌上/3深面及前缘，相当于下颌角水平的颈动脉三角内探及圆形肿块。显示内部无回声，后方回声增强；若囊肿合并感染时，囊内呈低弱回声暗区，分布不均。继发感染时，囊壁增厚，毛糙。针吸穿刺对孤立性囊肿或合并囊肿的瘘管可以采用针吸穿刺进行病检。既可了解肿块是否为囊性，又可通过抽出的内容物来判断性质。囊肿的内容物多样化，可为乳白色，灰白色，黄褐色，豆渣样，稀薄或黏稠，含或不含胆固醇结晶。通常穿刺可抽出黄白色或灰黄色黏液或浓稠上皮样分泌物，病检常可见胆固醇晶体，如镜下见到鳞状上皮及其角化物或柱状上皮即可确诊。