纳豆激酶的一个显著功能便是具有溶解血栓的作用．MimuguF等人用血凝块溶解分析法涮定了纳豆激酶的纤溶活性，将之同Plasmin比较，发现纳豆激酶的纤溶活性是Plasmin的4倍；MiLsugu．F。将纳豆激酶通过静脉注射到经化学诱导合成的血栓模型时，发现有明显的血栓溶解，并且显示出比纤溶酶和弹性蛋白酶更高的纤溶能力。上述研究表明纳豆激酶无论是在体外还是在体内，都表现出强的纤溶活性纳豆激酶同时可激活体内的纤维蛋白溶酶原，从而使内源性纤溶酶的量有所增加。