您好，根管治疗塞的棉花掉了是没事的。根管治疗主要用来治疗牙齿、牙髓、牙根等和血管及神经连接在一起的身体组织，通过清除根管内部的病变及坏死组织、填充替代物、封闭坏死部位，来达到治愈的目的。根管治疗期间或完成后可能出现短暂不适，通常服用消炎或止痛药可缓解，局部出现肿痛应告知医生处理。要遵循医生的嘱咐来进行治疗。祝您早日康复。