形成正常牙颌颅面结构的特征中的关键是牙齿、牙弓、颌骨、颅面相互间的关系谐调，而形成牙颌颅面形态畸形的机理则是牙齿、牙弓、颌骨颅面间的关系不调，这种不调是在长、宽、高三维空间中表现的：

　　1．长度不调可表现在上下牙弓关系上，表现为远中错颌及近中错颌。远中错颌时磨牙为远中关系，前牙表现为深覆盖。近中错颌时磨牙为近中关系，前牙表现为对刃颌或反颌、反覆盖。长度不调亦可表现在上下颌骨上，这种不调可以是颌骨大小间的不调，亦可以是颌骨位置间的不调，并可呈现为上下颌骨的远中关系及近中关系。上下颌骨呈远中关系时，可表现为上颌相对前突，其机理可以是上颌前突、下颌后缩，亦可为上颌又前突、下颌又后缩。在表现为上颌前突时又可分为整个上颌骨的前突及主要为上颌前部齿槽骨的前突。在骨性上下颌骨长度关系不调时，往往伴有牙弓的关系不调，表现为前牙的深覆盖。上下颌骨呈近中关系时，可以表现为下颌相对前突，其机理可以是下颌前突或上颌后缩。亦可下颌又前突，上颌又后缩。这类颌骨近中关系的骨性不调常伴有前牙反颌及反覆盖，上下颌骨的骨性不调，常常表现为颜面的畸形，是外科正畸的重要适应症。

　　2．宽度不调亦可表现在上下牙弓及上下颌骨的关系间。当上牙弓大于下牙弓时，可表现为一侧或双侧后牙的深覆盖或正锁颌。当上牙弓窄于下牙弓时可表现为一侧或双侧的后牙反颌或反锁颌，当上下颌骨间颌位宽度不调时常表现为颜面的不对称畸形，严重者亦为外科正畸的适应症。

　　3．高度不调常可表现在上下牙弓及齿槽高度的不调。高度不调可表现为前牙深覆颌，面下l／3高度不足，其机理可因上下前牙齿槽高度过长或上下后牙齿槽高度不足，亦可上下前牙齿槽又过高后牙齿槽高度又不足。若两侧齿槽高度不对称时则出现颌平面偏歪。高度不调的另一个表现为前牙开颌、面下1／3过高，其机理为上下前牙齿槽高度不足，或上下后牙齿槽高度过长，或上下前牙齿槽高度又不足，上下后牙齿槽高度又过长。严重高度不调的患者常表现为短面综合症或长面综合症，亦是外科正畸的适应症。在大多数牙颌颅面畸形的患者中，往往不是呈现单一的长度、宽度或高度不调，而是2种或几种类型的不调，牙颌、颅面间的相互不调共存，特别是在严重的牙颌颅面畸形的机制形成中更是如此，因而牙颌颅面畸形的机制是十分错综复杂的。